Можно ли в одностороннем порядке провести взаимозачет по счетам в рамках одного договора?

Добрый день. Помогите, пожалуйста, разобраться в очередной раз. ООО на ОСНО.
Работаю в Контур бухгалтерия. При поступлении предоплаты от покупателей, я разношу ее на конкретный счет. (Следовательно начисляю НДС с аванса полученного). Бывает так, что счет выставлен на  20 000р., а отгружаем по нему только на 15 000р., а 5 000р. могут так и висеть, потому что покупатель может передумать и товар ему больше не нужен. При этом остается висеть и НДС с авансов полученных с 5 000р. 
Но если на нашем счете по данному контрагенту висит аванс (например по счету №1 - 5000р.), мы можем отгрузить товар по счету №2. И получается, что по счету №1 у нас висит аванс в размере 5 000р., а по счету №2 - висит долг за покупателем, например на 4500р.
Контрагент учитывает у себя поставку нашего товара по договору и ему все равно по каким счетам у нас что то висит, для него главное итоговая сумма по акту сверки. А я учитывая программу и пожелания менеджеров не могу вести учет только по договору. Возникает вопрос, для зачета сумм висящих на счете №1 и №2, мне нужны какие то документы от покупателя или же нет? Счета №1 и №2 находятся в рамках одного договора поставки товаров. Контрагент ни какие письма писать не хочет. Я бы зачла, но смущает сумма НДС с аванса, ведь при зачете сумм по счетам его нужно возместить, а суммы висят не маленькие.
Большое спасибо за отклик!